Oi marquinhossm,
Vou deixar aqui algumas sugestões que talvez possam ajudar, não só a você como a comunidade em geral:
http://www.piskelapp.com/ (Editor de sprites muito legal, versão on-line e offline - pode baixar e usar a vontade)
http://pulkomandy.tk/projects/GrafX2 (Um editor bacana) - Este link estava funcionando semanas atrás, mas não consegui entrar ao verificar para postar pra você, pode ser um problema no servidor local, de qualquer forma deixo o wiki (
https://en.wikipedia.org/wiki/GrafX2) e se de tudo você não conseguir acesso a ele, eu tenho ele aqui e envio ele pra você.
http://www.synfig.org/cms/ (Este software é simplesmente demais e o melhor, totalmente gratuíto - é um software de animação 2D livre e de código aberto, projetado como uma poderosa solução para criar animação de qualidade cinematográfica usando trabalho artístico em vetor e mapa de bits.) - segue o link do wiki (
http://wiki.synfig.org/)
http://blackstrip.ru/ (Paint Cad - um editor russo de sprites. Vale a pena dar uma olhada)
http://mypaint.org/about/ (Este é um dos meus favoritos. Gratuito e possui versão portátil)
Tem também programas antigos, que eram utilizadas como editores de sprites para programadores QBasic, como o AWDRAW e o ANIMAX! - estes para rodar, você terá que emular o DOS utilizando o DOSBOX. Apesar de serem programas antigos, emulados eles não deixam nada a desejar, no quesito criação de sprites, para os atuais. Talvez você tenha dificuldades com o formato. Segue abaixo o link para o Animax!
http://www.network54.com/Realm/page_files/Graphics_tutorials.html (Baixe o arquivo QBG1.zip e descompacte-o numa pasta qualquer. Execute o programa Animax.exe via DosBox, pronto! Um editor de sprites das antigas). Para uma demonstração de como ele trabalha, execute o arquivo QBG.exe (também via DosBox)
Não mencionei aqui o Gimp, Photoshop e o Paint do Windows já que estes já são muito conhecidos.
Espero ter ajudado,
Até mais